いつもお世話になっております。

当社の社員が、産前産後休業、育児休業に入る2ヶ月前から休業しています。

当初は新型コロナウイルス罹患リスクの軽減のためという理由でしたが（当社取り扱いは無給です）、
それでは、傷病手当金の支給がされないとわかり、主治医と相談して切迫早産という診断に途中変更となりました。

更に、年次有給休暇を利用したいと言い出し、再度休業届を提出して、途中に年次有給休暇を利用する内容で申請をし直してきました。すでに、本人が希望する年次有給休暇期間に入ってからの申請です。

産前産後休業までの2ヶ月期間の休業届申請を合計3回提出したことになります。
当然、勤怠修正や給与の遡及対応などが発生します。

ただ、当社の規程やマニュアルには、届出の再提出についての規定はなく、出し直し回数の規制もありません。
内規では、年次有給休暇後に無給の休業を取るようになっています。
※ただし、本人が無給休業の途中に年次有給休暇を事前に希望した場合は取得を認めています。

今回は、会社の手続きや処理、給与計算など関係者の負担も考慮しない、全く私的な理由による同期間の3度の申請提出で、上長の指導にも問題はありますが、全く困ってしまいました。

この一度提出した正式な休業届について、労働の義務を免除した期間を再度申請によって変更することについて問題はないか、またこの場合の適切な取り扱いについて、ご教示いただけますでしょうか。

よろしくお願いいたします。