当法人は医療機関で，１年単位の変形労働時間制を採用しており，週平均労働時間は38.5時間となっています．部署によっては３交替制勤務を行っており，1日の所定労働時間は7時間45分です．日勤，準夜，深夜の３交替制で，職種によって手当額は違いますが，一律の手当を支給しています．一例を挙げますと，準夜手当（4600円／回），深夜手当（5200円／回）です．その他に，早出，遅出出勤があり，それぞれ早出手当（300円／回），遅出手当（800円／回）です．
さて，ここで質問ですが，それぞれの勤務時間帯に，遅刻，早退，欠勤の場合，手当は支給するべきでしょうか？　例えば，７:30からの早出勤務に，日勤と同じ8:30に出勤した場合は不支給となっています．現在は，各所属長の判断（不就労時間の長短など）に任せて手当を支給したり不支給にしたりしています．
ところが，元々はその時間帯を勤務するはずだったので，遅刻，早退，欠勤であろうとも手当は支給するべきだという意見も出てきて，非常に困惑しています．遅刻，早退，欠勤の賃金は不就労時間分を分単位で控除しているので，手当は支給しなければならないというのです．
担当者としては，実際は，一律の手当ではなく，深夜業の勤務時間帯は各人に応じた割増賃金で手当は支払うべきだと常々思っておりました．そうすれば，不就労分は支払うこともありませんし，職員の不公平感もないと思いますが，現在の給与計算業務ではそれは無理な状況にあります．
現在の手当で，支給・不支給を決める場合には，不就労時間／就労時間により，例えば１／２未満は全額，１／２以上は半額などと，支給割合を決めた方がいいでしょうか？　それとも，手当を全額支給するべきなのでしょうか？